Efter at have fulgt Commander Michael Burnham ind i et ormehul, lander U.S.S. Discovery i en ugenkendelig verden 1.000 år ude i fremtiden.

Med Starfleet og føderationen på randen af kollaps efter en katastrofal hændelse kendt som ’The Burn’, må Discoverys besætning, med hjælp fra de nye og mystiske allierede Book (David Ajala) og Adira (Blu del Barrio) afdække, hvad der forårsagede ’The Burn’, og genoprette håbet i galaksen.