Legender støder sammen i ”Godzilla Vs. Kong”, da de to mytiske modstandere mødes i en episk kamp for jordens skæbne. Kong og hans beskyttere tager på en farlig rejse for at finde hans sande hjem og med ham er Jia, en ung, forældreløs pige, som han har knyttet et unikt og stærkt bånd til. De befinder sig pludselig i vejen for en rasende Godzilla, der skaber kaos og ødelæggelse på tværs af jorden.

Det episke sammenstød mellem de to titaner – fremprovokeret af ukendte kræfter – er kun begyndelsen på mysteriet, der ligger begravet dybt inde i jordens indre.