Det globale MIB-agentur er midt i en eksistentiel krise: der er en muldvarp i deres rækker, som hjælper en aggressiv race af aliens, kendt som "The Hive" der truer hele universet.

Deres mission vil føre dem over hele kloden (New York, London, Marokko, Italien) og kulminerer i et spektakulært opgør på Eiffeltårnet.  

Det vil kræve dygtige agenter med evnen til at se sandheden, hvor andre ikke gør det, dygtige og erfarne agenter og deres sidekick, at besejre The Hive, afsløre muldvarpen og redde universet.