I den første film blev den ondskabsfulde troldmand Grindelwald fanget af MACUSA, og til at gøre dette fik de hjælp af den unge og talentfulde troldmand Newt Scamander. Grindelwald følger dog op på hans trusler og slipper ud af fængslet for at påbegynde sine planer om at skabe en klasse af ren-blods troldmænd, der skal regere over ikke magiske skabninger.

For at forpure Grindelwalds planer søger Dumbledore endnu engang hjælp fra hans tidligere elev Newt Scamander, der accepterer uvidende om de farer der venter ham i fremtiden. Linjer bliver optegnet og loyalitet bliver testet mellem både venner og familie i en troldmandsverden, der er splittet.