Naruto Shippuden: Kizuna Drive følger de elskede helte fra Naruto-universet i en helt ny storyline, hvor Naruto og vennerne skal kæmpe imod en uset fjende, der er skyld i forsvindningen af en ninja fra landsbyen Hidden Leaf.

Nye eksklusive spilkarakterer vil tage del i eventyret, hvor uforventede plot-twists bliver afsløret, mens spilleren finder ud af, hvem, der er ude efter Naruto.