X-Men Prequel Trilogi indeholder følgende titler: 

X-Men: First Class:
X-Men: First Class foregår i 1963 og følger et hold unge X-Men før de tre eksisterende film i serien. Filmen starter forfra med et nyt cast.

Før Charles Xavier (James McAvoy) og Erik Lensherr (Michael Fassbender) tog navnene Professor X og Magneto, var de to unge mænd, som opdagede deres kræfter for første gang.

Inden de blev ærkefjender, var de bedste venner, og de arbejdede sammen med andre mutanter (nogle velkendte, nogle nye) for at stoppe den største trussel verden nogensinde har kendt.

I denne proces opstod en alvorlig splittelse mellem dem, hvilket var begyndelsen på den evige krig mellem Magnetos broderskab og Professor X's X-men.

X-Men: First Class er den episke begyndelse på X-Men-sagaen, som Bryan Singer startede i 2000.

X-Men: Days Of Future Past:
I X-Men: Days of Future Past jager Sentiels, der oprindeligt er skabt til at dræbe mutanter, menneskeheden i året 2023. Hele den menneskelige race på randen til udryddelse og de resterende overlevende har svært ved at modstå Sentiels angreb.

Derfor sender X-Men Wolverine tilbage til fortiden, helt tilbage til 1973, i et desperat forsøg på at ændre historien og forhindre krigen før den overhovedet starter. Dette er den eneste mulighed for at redde både mennesker og mutanter...

X-men: Apocalypse:
Efter flere tusinde år vågner Apocalypse, verdens stærkeste mutant, op til en verden ledet af mennesker og beslutter sig for at udslette hele menneskeheden. I et desperat kapløb for at redde menneskeheden leder Professor X de unge X-Men i en kamp, der vil afgøre verdens skæbne.