Året er 1954 og US Marshal Teddy Daniels og hans makker Chuck Aule er blevet sat på opgave at finde en patient fra sindssygehospitalet: Bostons Shutter Island Ashecliffe. De rejser derfor til den afsides ø ud for Massachusetts og sideløbende med efterforskningen opdager Teddy, at både øen, hospitalet og hans makker gemmer på dybe hemmeligheder.

I forvirringen sker det farlige - Teddy begynder at tvivle på alt - hans hukommelse, hans makker, ja selv hans egen tilregnelighed.