Kingdom Hearts III fortæller historien om venskabets kraft når Sora og hans venner drager ud på et farligt eventyr. Historien udspiller sig i mange forskellige Disney og Pixar verdener, hvor du følger Sora, en dreng og ukendt arving til spektakulære kræfter. Sora drager ud sammen med Anders And og Fedtmule for at stoppe en ond kraft, kendt som the Heartless fra at invadere og overtage universet.

Gennem venskabets kraft forenes Sora, Anders og Fedtmule med ikoniske Disney-Pixar karakterer, både gamle og nye, for at overvinde storslåede udfordringer og sejre over ondskaben, der truer deres verdener.

Dette spil vil være det sidste kapitel i Dark Seeker Sagaen.