Jupiter Jones blev født under en nattehimmel med tegn på, at hun var bestemt til noget stort. Som voksen vågner Jupiter op til de kolde realiteter og en endeløs række af uheld. Det er først, da Caine, en genetisk produceret tidligere jæger i militæret, finder frem til hende på jorden, at Jupiter får et glimt at sin sande skæbne: Et ekstraordinært arv, der kan ændre universet.