Da Thomas vågner op, er han fanget i en gigantisk, labyrint, som er i konstant forandring, for at holde drengene inden for den enorme, kringlede labyrints mure. Han bliver modtaget af en flok andre drenge, og husker intet om verden udenfor. Han husker kun mærkelige drømme om en mystisk organisation. Ingen gang sit eget navn husker han, det første stykke tid...

Thomas' nysgerrighed volder problemer, men dog er han den første i meget lang tid, der tager drengene fra labyrinten, et skridt i den rigtige retning. Med farlige forhindringer omkring hvert hjørne må Thomas og de andre skynde sig at samle ledetrådene, overleve uventede angreb fra monstrene i labyrinten og stå sammen – så de kan komme ud, før det er for sent.