Mørket har lagt sig over New York City eftersom Shredder og hans onde Foot Clan har grebet om stort set alt - alt lige fra politiet til politikerne.

Fremtiden ser dyster ud indtil fire udstødte brødre uventet stiger op fra kloakkerne og opdager deres skæbne som Teenage Mutant Ninja Turtles.

Skildpadderne skal arbejde med den frygtløse April O'Neil (Megan Fox) og hendes kameramand Vernon Fenwick for at kunne redde byen og optrævle Shredders djævlske plan.