Da atomkraftværket Janjira i 1999 på mystisk vis blev ødelagt medførte det, at Joe Brody mistede sin kollega og hustru, Sandra.

Efter flere år er Joe stadig opsat på at finde årsagen til ødelæggelsen, og derfor tager hans søn Ford, en US Navy ammunitionsrydning officer, til Japan for at hjælpe sin far.

De vil nu opdage katastrofens hemmelige årsag hvilket giver dem mulighed for at se re-aktiveringen af en ganske forfærdelig trussel mod menneskene.