Efter mad-stormen i Det Regner Med Frikadeller bliver Flint nu i 2'eren anerkendt for at være det geni, han egentlig er, og han får endelig lov til at arbejde sammen med sit største idol Chester V, i et gigantisk, topmoderne opfinderfirma.

Alt er fint - lige indtil de finder ud af at Flints madmaskine, han destruerede stadig fungerer, og at den er løbet løbsk. Imens Flint og vennerne har haft travlt med at rydde mad op i deres hjemby, er madmaskinen gået i gang med at splejse mad og dyr sammen til mad-dyr på en afsides ø.

Flint, Chester og Barb skal nu ud på en mission for at stoppe maskinen en gang for alle!