Flere måneder er gået siden X-Men besejrede Magneto og fængslede ham i et plastkammer. En dag trænger en mutant, ved navn Nightcrawler, ind i Det Hvide Hus og forsøger at myrde præsidenten.

I mellemtiden forsøgerer Logan at lære sin fortid at kende. Videnskabsmanden ved navn William Stryker opdager Professor X's hemmelige skole og Cerebro. Magnetos partner, Mystique, planlægger at hjælpe sin
leder ud af fængslet.

Men da Professor X's skole angribes af Strykers mænd er Logan, Rogue, Iceman og nogle få andre heldige at undslippe.