G.I. Joe-soldaterne er tilbage og får skylden for en frygtelig forbrydelse, de ikke har begået. Nu står de igen ansigt til ansigt med den fjendtlige Cobra-organisation og stilles desuden over for nye, livsfarlige trusler fra statsstyret. Når alt andet glipper, er der kun én mulighed tilbage: Gengældelse.

Roadblock (Dwayne Johnson) leder et nyt team (med blandt andre Channing Tatum og Bruce Willis) i dette eksplosive eventyr.