Flere år efter afslutningen af Risen, har rasende Titans hærget verden og skubbet menneskeheden på randen af eksistens. Efterfølgende er monstrøse skabninger steget fra de våde dybder af havet og deres angreb har bragt alt søfart i stå.

Helten, nu medlem af inkvisitionen, er sendt ud for at finde ud af, hvordan at stoppe kaos forårsaget af disse væsner fra dybet.

Hans søgen begynder med rygter om, at piraterne, der oftest er ved de sydlige øer er de eneste, der kender en måde at slippe af med de skabninger én gang for alle og afslutte deres terrorregime.