I Spider-Man: Edge of Time, står Spider-Man overfor en af hans største udfordringer nogensinde, nemlig at redde Spider-Man.
I spillet styre man både den klassiske Spider-Man og Spider-Man 2099, hvor man skal forsøge at rette op på en tidslinje som er gået skævt. Kom i forkøbet inden katastrofen af Peter Parkers død opstår. 

Spillet er et action pakket eventyr, hvor man drages ind i to sammenhængende historier fra den nulevende Spider-Man til den korrupte fremtid hvor Spider-Man 2099 befinder sig i.