Submarino er historien om to brødre, der deler en tragisk hændelse fra barndommen, som ingen af dem kan give slip på.

Nick (Jakob Cedergren) bor på et herberg i Københavns Nordvestkvarter. Han er vred, løfter vægte og drikker guldøl. Ikke en mand man skal gå i vejen for. Nicks lillebror (Peter Plaugborg) er alene med sin 6-årige søn, som han forsøger at sikre en god opvækst, midt i sin jagt på det næste skud heroin.

En dag beslutter Nick sig for at opsøge sin bror, drevet af håbet om at bryde den onde cirkel, der har præget deres liv. Men er det muligt at forsone sig med fortiden?