I sjette sæson ledes NCIS-teamet fortsat af specialagent Jethro Gibbs (Mark Harmon), en kompromisløs leder, der stræber efter retfærdighed – og ofte tolker reglerne lidt lemfældigt.

I denne sæson indlemmer Gibbs nye medlemmer i gruppen, alt imens han styrer de erfarne agenter gennem farlige missioner, der ligger uden for den militære kommando. Med på rollelisten er desuden Michael Weatherly, Pauley Perrette, David McCallum, Sean Murray, Cote de Pablo og Rocky Carroll. Sættet består af seks diske indeholdende alle 25 actionspækkede afsnit fra sjette sæson – foruden førsteklasses ekstramateriale med et kig bag kulisserne.

Afsnit:
- Last Man Standing
- Agent Afloat
- Capitol Offense
- Heartland
- Nine Lives
- Murder 2.0
- Collateral Damage
- Cloak
- Dagger
- Road Kill
- Silent Night
- Caged
- Broken Bird
- Love & War
- Deliverance
- Bounce
- South by Southwest
- Knockout
- Hide and Seek
- Dead Reckoning
- Toxic
- Legend: Part 1
- Legend: Part 2
- Semper Fidelis
- Aliyah